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，完全控制了吐蕃地区。
在攻占襄阳和夺取了四川大部以后，元世祖忽必烈于至元十一年（公元1274年，宋咸淳十年）下诏伐宋，发动全面进攻。至元十三年（公元1276年，宋德祐二年）正月，元兵逼近南宋首都临安（今浙江杭州市），宋廷奉表投降。尽管文天祥、张世杰等在南方继续抵抗，但终于回天无力，到至元十六年（公元1279年，宋祥兴二年）厓山（今广东新会市南海上）战败，宋朝的残余势力也覆灭了。
成吉思汗时，蒙古还没有固定的首都。窝阔台汗七年（公元1235年），在今蒙古国鄂尔浑河上游后杭爱省厄尔得尼召北哈尔和林建都，称喀拉和林，简称和林。蒙哥汗六年（公元1256年）忽必烈在今内蒙古正蓝旗东闪电河北岸营建宫室城郭，忽必烈汗中统元年（公元1260年）在此即位，称开平府，中统四年升为上都。至元四年（公元1267年）在金中都城（今北京）东北另筑新城，至元九年（公元1272年）改称大都，成为元朝的首都。
蒙古先后征服了这七大区域，但并不是这七个区域都成了元朝的疆域，因为在这期间，有的地区已经成为其他汗国的领土。从成吉思汗十五年（公元1219年）进行第一次西征开始，蒙古帝国的疆域迅速扩张，从中亚、西亚直到欧洲。成吉思汗晚年实行分封，将今天山、阿尔泰山、额尔齐斯河以西的土地都封给了三个儿子。由于大家服从成吉思汗，帝国还是统一的。在窝阔台当大汗时，也还可以指挥其他各部，但到蒙哥（宪宗）和忽必烈（世祖）时，各部已经不相统属。互相争夺大汗的位置，蒙古帝国分裂成元帝国和四大汗国。
今新疆的天山以北地区大部分已经封给了窝阔台国，因此始终不在元帝国的管辖之下。阿母（姆）河南岸被成吉思汗征服以后，没有分封，所以一直由大汗统治。蒙哥汗时在那里设置了阿母河行省，但因离大汗统治区太远，因此蒙哥汗末年将它并入了伊利汗国。蒙哥汗元年（公元1251年）在今新疆乌鲁木齐一带设置了别失八里行省，治所在别失八里（今新疆吉木萨尔县北破城子）。察合台汗国一度据为己有，后期才重新成为元朝的辖区。今伊犁河流域也未分封，元世祖至元十二年（公元1275年）设置了阿里麻里（一作阿力麻里、阿力马力）行省，以阿里麻里（今新疆霍城县水定镇西北）为治所。但该行省存在的时间更短，两年后就废了，以后并入察合台汗国。因此在大部分时期，元朝的疆域还没有包括今新疆的全部。
从元朝开始，整个青藏高原成了中原王朝的一部分，与中国的其他部分结成了一个不可分割的整体。根据吐蕃地区普遍信奉喇嘛教的实际，元朝将它划归掌管全国佛教事务的机构——宣政院（至元初设置时称总制院，至元二十元时期形势图五年改名）管辖，并根据当地需要设分院驻理。在境内设立吐蕃等处（脱思麻），吐蕃等路（朵甘思），乌思藏、纳里、速古鲁孙等三路三个宣慰司，脱思麻司辖有今青海黄南州至四川阿坝州一带，朵甘思司辖有今青海果洛州、玉树州至四川甘孜州、西藏昌都地区，乌思藏司辖有今西藏大部分和克什米尔之地。宣慰司下分辖元帅府、总管府、万户府、千户府、宣抚司、安抚司、招讨司、万户、千户等机构。这些机构有的管理军事，有的办理民事，有的兼管军民。因此尽管元朝为了更有效地统治吐蕃，充分利用了宗教因素，对吐蕃地区实行不同于汉族地区的政策，但同样建立了一整套行政和军事机构，行使着完全的主权。
元时期的形势图【点击查看大图】
除了今新疆地区的较大变动外，元朝的疆域是稳定的：在北方，西起今额尔齐斯河，东至鄂霍次克海。在东部，拥有朝鲜半岛东北部。在西南，包括今克什米尔地区以及喜马拉雅山南麓的不丹、锡金等地，今缅甸东北部和泰国北部。
与汉、唐极盛时期的疆域相比，元朝不仅在面积上大大超过了它们，而且在控制程度上也有过之而无不及。除了吐蕃地区和今新疆东部三个直属于朝廷的单位（别失八里、哈剌火州、哈密力）以外，元朝在全国都设置了行中书省（简称行省），其中包括汉唐时从未设置过正式行政区的蒙古高原以北和辽河下游以北地区。
对周围的邻国，元朝都曾进行过军事征服，有的还设置过行政机构。但元朝的统治能维持的时间都不长，而且这些国家仍然是独立的，所以还不属于元朝的疆域。如元朝对安南（今越南）用兵三次，一度占领了安南，并派了达鲁花赤（地方行政长官）去监督行政，但在安南的激烈反抗下，最后不得不撤出。元朝在缅甸设置过缅中行省，存在的时间也很短。至元二十二年（公元1285年）在高丽设征东行省，但该省的长官（丞相）就是高丽国王，而且对高丽国内仍称国王，所以高丽实际上只是元朝的属国。
第一节 奴尔干都司的设置和撤销
在东北方面，明初是以恢复元朝的疆域为目标的。特别是由于在朝鲜半岛的王氏高丽是亲元的，所以明太祖朱元璋曾坚持要以铁岭为界，准备在朝鲜半岛的西北部设置屯驻军队的卫、所，为此与高丽发生过争执。但到洪武二十五年（公元1392年），高丽李氏取代王氏自立，改而奉行亲明政策，因此明朝不再坚持以铁岭为界，从此鸭绿江成为明朝与朝鲜的界河。
在东北女真等部族地区，明朝陆续设置了一批羁縻卫、所，用以统治或控制当地民族。永乐七年（公元1409年）设置的奴尔干都司，管辖约300个羁縻卫、所。都司驻于黑龙江下游今俄罗斯哈巴罗夫斯克边区塔赫塔，下距江口150公里，辖境包括今黑龙江、精奇里江、乌苏里江、松花江流域，北至外兴安岭以北。永乐九年又征服了苦兀，辖境扩大到库页岛，在岛上设置了囊哈尔卫。奴尔干都司的主要官员如都指挥使、同知、佥事等职都用流官，即由朝迁派遣，而各卫、所的指挥、千户等职任用土官，即由当地部族的首领担任。奴尔干都司的性质与汉唐时的都护府相似，各卫、所内部的部族也享有自治权。但都司的管辖比都护府更严密，因为下属单位不再有西域那样的国，各卫、所必须完全服从都司。当然，由于属于羁縻性质，所以都司对下属单位的控制程度差异很大，不可一概而论。
都司的设立和存在不仅有可靠的文献记载，而且有确凿的物证。奴尔干都司设立后，内官亦失哈等多次奉命去对当地部族宣谕抚慰。永乐十一年（公元1413年）亦失哈第三次到奴尔干都司时，在都司城西南、黑龙江恒滚河口对岸山上建永宁寺，并在寺前立碑。宣德七年（公元1432年）他第十次到该地时，发现寺已被毁，次年就委官重建，又立碑纪事。这两块碑详细地记载了设置奴尔干都司的经过与亦失哈屡次宣谕镇抚其地的情况。永宁寺虽久已堙圯〔yin yi音夷〕，但两碑一直屹立原地。清光绪十一年（公元1885年），曹廷杰奉清迁之命对被沙俄侵占地区进行调查，将碑文拓下携回，披露于世。原碑至今还保存在俄罗斯哈巴罗夫斯克（伯力）的博物馆中。
宣德十年（公元1435）年，奴尔干都司撤销，下属的卫所则继续存在。不过由于上一级建置取消了，明朝对这些卫所的控制也减弱了，尤其是在明朝国力衰弱以后。为了防止羁縻地区的部族和西部的鞑靼进入它的直接统治区——辽东都司，从永乐、宣德开始陆续建起了边墙。边墙东起今辽宁丹东市东北鸭绿江边，向北经宽甸东、本溪西，折东至本溪北，又北经抚顺东、铁岭东、开原东、昌图东，东折至昌图北，南折至昌图西、开原西，以后大致沿辽河而西南至三岔口（今辽宁海城市西北），又自三盆口向西北，经台安、黑山，折东经阜新南，折西南经义县西、锦州西、锦西西、绥中西，折南至山海关止。这道边墙并不是明朝的边界，甚至也不是直接统治区的界线，因为边墙的东北是奴尔干都司辖境，即使在都司撤销后，也还是明朝疆域的一部分。而且由于军事防卫的需要，边墙也没有完全筑在辽东都司的边缘，它的一部分辖境就在边墙之外。由于辽东边墙通过山海关连接着明朝的另一道边墙（长城），所以它的起点——丹东市东北鸭绿江边，也就是万里长城的起点。
第二节 北方和西北诸卫所的内迁
在北方，为了打击和消灭元朝的残余势力，明军不止一次发动进攻，如永乐十二年（公元1414年）明成祖朱棣亲自率步骑50万击瓦剌马哈木，追至土剌河（今蒙古国土拉河）；永乐二十二年成祖又亲征，至和林（今蒙古国哈尔和林）东北的达兰纳穆尔河而还。但由于明军长途进军，离后方很远，对手又是游牧民族，流动性很大，所以既难以久驻，也不可能毕其功于一役。虽然明朝无法占领每次军事行动到达的地方，但因实力强大，洪武时的北界还是推进了很多，先后设置了大宁卫（驻今内蒙古宁城县西）、开平卫（驻今内蒙古正蓝旗东闪电河北岸）、东胜卫（驻今内蒙古托克托县）和兴和所（驻今河北张北县）等军事驻屯机构。洪武二十年（公元1387年）设大宁都司，次年改称北平行都司，治所在大宁卫，辖境北至今西辽河、西拉木伦河、内蒙古克什克腾旗、查干诺尔一线。其西的明朝北界则在阴山山脉和贺兰山一线。
在西拉木伦河以北是兀良哈部族，明朝在那里设了三个羁縻卫，称为兀良哈三卫。建文元年（公元1399年），燕王朱棣举兵推翻建文帝夺取皇位时，曾联络兀良哈三卫支援，到朱棣登位后，就将北平行都司改名大宁都司，移治保定府（今河北保定市），原来的辖地都作为报酬让给了兀良哈。东胜左右卫也分别迁到了今河北的卢龙和遵化。这样一来，开平卫和兴和所成了孤悬的据点，永乐二十年（公元1422年），兴和所被蒙古阿鲁台袭陷，迁治宣府（今河北宣化县）。宣德五年（公元1430年），开平卫也移治独石堡（今河北赤城县北独石口）。至此，在今